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vita di laboratorio

…ma è esterno…!

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Ormai non lo ripeto più. Il vicecapo NAT è proprio del tutto tecnolesa e ha una repulsione per computer e tutto quello che ha a che fare con la tecnologia. Pace, capita.
Purtroppo questo porta sempre a situazioni inverosimili che mi coinvolgono direttamente visto che "me ne intendo di computer" e che sono seduto dietro di lei.
Indi per cui la settimana scorsa…

NAT: "Filippo, posso chiederti una cosa?"
Filippo: "Certo, dimmi!"
NAT: "Eh, devo fare l'upload di alcuni files con le sequenze su un database online, ma mi chiedono dei file di testo e questi invece sono tar.gz."
F.: "Si, sono compressi. Prima sono impacchettati col tar e poi compressi con gzip. Devi aprirli facendo così e cosà e poi colà e alla fine hai il txt proprio qui."
NAT: "Ahhhh!! Grazie mille! Ma chi lo sapeva cos'era sta roba. Tarball. Ah ah ah!! Ma pensa te!"
F.: "Eh… già… pensa te…"

Dopo una mezz'oretta:

NAT: "Ah, che roba… io non so… non capisco… bho. Filippo, tu sai cos'è questa roba?"
F.: "Vediamo… cosa devi fare?"
NAT: "Ai file di prima mi chiedono di allegare un file Excel con questo, quest'altro, quell'altro, e un codice MD5. Sai cos'è?"
F.: "Si, l'MD5 è questo."
NAT: "Ahhh… grazie!! Sai come si ottiene?"
F.: "Si certo."

Facciamo col Mac che ha una procedura davvero semplice:

1° aprire il terminale
2° scrivere openssl md5 [nomefile]
(Sostituire "md5" con "sha1" se volete conoscere l'hash SHA-1.)

Nel nostro caso ottenere l'MD5 di files di testo da 8Gb ha richiesto parecchi minuti. Comunque alla fine il vicecapo ha ottenuto quello che voleva.

Dopo un paio d'ore:

NAT: "Filippo, ma come faccio a caricare sul loro sito questi files?"
F.: "Eh non so, cosa dicono loro?"
NAT: "Dicono, bla bla, cartella, bla bla, sequenze, bla bla, zip, bla bla, comprimere, bla bla, upload, bla bla…"
F.: "Si, in pratica devi metterli tutti insieme e ri-comprimere tutto con Zip perché 12Gb di roba sono troppi. Devi fare così e colà."
NAT: "Ah! Grazie mille! Davvero, se non ci fossi tu avrei perso mezza giornata."
F.: (no, così con il mio aiuto ci hai perso mezza giornata, se non ci fossi io avresti perso una settimana) "Si, figurati…"

Dopo due ore:

NAT: "Ohhhh…. finalmente!!! Ho finito!!"
F.: "Tutto questo tempo ci ha messo a comprimere?"
NAT: "No, ci ha messo meno, ma sai, i file erano sul disco esterno USB e quindi per lavorarci ho dovuto copiarli sul Desktop."
F.: "Perché?"
NAT: "Come perché? Erano sul disco esterno!! La roba che è sul disco esterno non è NEL computer. Quindi quando la vuoi usare prima la copi nel computer e poi ci lavori!"
F.: "Ah. Ahhhh. Capisco."

E scoraggiato mi sono girato a fare le mie cose.
Alla fine comunque il vicecapo ha mandato i suoi file al database per caricare i 6Gb di dati finali ci sono volute un paio di orette, ma lo scopo è stato raggiunto. Tutto è bene quel che finisce bene…

laboratorio

Super-mega-iper-ultra-new.

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Al lavoro, come detto altre volte, usiamo dei criostati per sezionare i campioni di tessuto in fettine da 7 micron. L'apparecchio tiene a -28 °C il campione che, con una lama affilatissima, viene tagliato una fetta per volta. Queste fettine di tessuto inglobato in gelatina vengono raccolte su vetrini da microscopio per essere poi analizzate.
Come potete immaginare, e se non lo immaginate ve lo dico io, delle fettuccine di 7 micron di gelatina sono molto, molto sottili. Talmente sottili che durante il processo per tagliarle si arrotolano su loro stesse e in quel caso si possono buttare nel cesso.
Per evitare questo problema ci sono due vie possibili:
1. usare un pennellino molto sottile per tirare la fettina man mano che viene tagliata (tecnica molto lenta e non sempre funzionante)
2. usare una anti-roll plate (standard in tutti i criostati che usiamo)

L'anti-roll plate è un rettangolo di vetro con i bordi super-affilati che costa un sacco di soldi. Ogni laboratorio ha le sue placchette perché si rovinano facilmente e quando lo spigolo della piastrina è sbeccato si può buttare con le fettine suddette: giù per il cesso.

L'abilità nel tenere con cura una placchetta sta nelle mani dell'operatore: da noi ci sono alcuni che le farebbero durare per sempre, altri che le rovinano appena iniziano ad usarle. Qui avrei altre cose da dire, ma non è questo il punto.
Il fatto è che, dato che si rovinano, le placchette vengono ricomprate. Quelle vecchie non vengono buttate via a meno che non siano veramente distrutte, quindi il nostro beneamato tecnico quando arrivano le placchette ci scrive sopra la data d'arrivo e ci scrive "New". Ovviamente quando la placchetta "New" diventa un po' vecchia e ne arriva una più nuova non può scriverci di nuovo "New", quindi ci scrive "Ultra-New".
Ultra-New… ma è possibile? Ma che casso vuol dire "Ultra-New"! E quando ne arriva un'altra ancora? Cosa ci scriverà? "Super-Ultra-New"??

Pazienza, l'ho sempre detto che ha dei problemi, non c'è molto da fare. Solo che la cosa si estende anche agli altri colleghi per cui è normale che quella più nuova sia "Ultra-New" e se il deficiente non ci scrive niente sopra loro non sanno riconoscere la placchetta più nuova…
Che poi resta nuova per poco visto che i 2-3 soggetti dalle mani di pastafrolla rovinano le piastrine nuove nel giro di una settimana e quindi la "Ultra-New" diventa subito "Barely-Usable".

Pazienza.
Se riesco oggi giro un filmatino per mostrare come si taglia al criostato.

vita di laboratorio

37, 38, 40, 41, 48…. tombola!

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Secondo la moglie ha troppe cose per la testa e ha troppa fretta. Secondo me è distratto e non pensa mai a quello che sta facendo, ma a quello che dovrà fare. In ogni caso Pompelmo ha dei grossi problemi, ma proprio grossi!! E' perfettamente consapevole di non riuscire mai a fare un esperimento giusto al primo colpo, mette sempre in conto di doverlo ripetere. Si taglia spesso nei modi più impensati, rompe vetreria di laboratorio un giorno si e uno anche, sbaglia a scrivere e non si ricorda mai quello che scrive (giusto o sbagliato che sia…).
La settimana scorsa il tecnico, Nostra Signora V. M., si avvicina a Pompelmo e…

Nostra Signora V. M.: "Pompelmo, una piccola domanda…"
Pompelmo: "Si, dimmi."
N.S.V.M.: mostrandogli il quaderno con i numeri dei topi "Qui non capisco bene… mi pare che ci sia un problema con i numeri."
P.: "Ahhhhhhhhh! Noooooooooo!! Ancoraaaa! Non è possibile! Ho sbagliato! Ahh, che stupido! Ho sbagliato!!!"
N.S.V.M.: "Ah ok, mi pareva di non capire infatti."
P.: "Eh, si… spetta che controllo i numeri sui campioni di orecchie di topo… ah si, sono sbagliati anche qui. Aspetta che controllo sulla piastra con gli embrioni. Ah, anche sulla piastra sono sbagliati… ti pareva…"
N.S.V.M.: "Ok, va bene, fa lo stesso."

Il tecnico prende e se ne va, e Pompelmo ride e ride e ride e ride. La moglie ride e ride e ride e ride. Io guardo Pompelmuccio e non capisco. Gli chiedo spiegazioni e…

Filippo: "Ma cosa succede? Cosa hai sbagliato?"
Pompelmo: "Ah niente! Ho sbagliato a dare i numeri ai topi."
F.: "Come hai sbagliato?"
P.: "Si, il numero da cui dovevo partire era 36, quindi io ho scritto 36, 37, 38, 40, 41, 48, 50."
F.: "Scusa, ma i numeri in mezzo?? Che fine hanno fatto?"
P.: "Eh, mi sono sbagliato! D'altro canto mi succede sempre. E' così ogni volta. Secondo me il tecnico pensa che lo faccia apposta per farlo innervosire…"
F.: ….

La moglie mi ha confidato, in privata sede, che Pompelmo OGNI VOLTA sbaglia i numeri dei topi. Tutte le sacrosante volte lui li sbaglia e il rincoglionito del tecnico, nonostante sappia in partenza che Pompelmo ha sempre problemi a contare, tutte le sacrosante volte va a dirgli che non capisce…

Ho riportato i fatti così come sono accaduti, non ho altro da dire vostro onore.

vita di laboratorio

Igiene alimentare #3.

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Forse qualche lettore si ricorderà un paio di post scritti parecchio tempo fa riguardo intitolati "Igiene alimentare" e "Igiene alimentare #2". Non vi ricordate? Riguardano la Pancetta e la sua tazza da tè sporca, unta e bisunta. La tazza che lei non lava MAI. La tazza incrostata e lercia con le bustine di tè lasciate dentro a seccare. La tazza che lei usa quotidianamente nonostante sia più igienico bere l'acqua da un sottovaso.
Se non vi ricordate guardatevi questo e questo post.

Bhe, quando ho fatto quelle foto credevo che la Pancetta fosse l'unica ad essere così sporca e sudicia da poter anche solo pensare di bere in quello schifo, ma evidentemente sono stato troppo ottimista.
C'è di peggio.
L'ofego, la PhD Belga, fa perfino più schifo della Pancetta! Non solo ha la stessa abitudine dell'altra per quanto riguarda il tè…. ma pure per quel che riguarda il caffè!!
Si: la sua tazzina da caffè è più sporca del secchio del mocio.

E come sempre, per provarvi quello che dico, ecco due foto dello schifo:

vita di laboratorio

Nuovo anno, solite lamentele.

Ieri io e la moglie siamo tornati in Svizzerlandia e oggi al lavoro. I nostri colleghi, quelli che lavorano tanto, quelli che non vanno mai in ferie, quelli che arrivano presto al mattino, quelli che vanno a casa tardi alla sera, quelli che sono sempre qui nei fine settimana, non ci sono.
C'è solo il capo che, arrivata sorridente a fare gli auguri a tutti, "si è stupita che il lab fosse vuoto", l'ofego che è arrivata alle 11, il tecnico che è tutto il giorno che parla da solo e oggi aveva sulla lista di "cambiare il calendario e preparare il nuovo quaderno per fatture e ordini".

Coraggio… chi ben comincia…

laboratorio

Ma a me funziona sempre… tranne quando non va!

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Pompelmo è un caro ragazzo, premuroso e sempre disponibile. Però dal punto di vista lavorativo è un po' "confusionario". E' da un po' di tempo che in laboratorio abbiamo problemi con un anticorpo per immunoistochimiche che a volte funziona, altre volte no: così, misteriosamente e senza spiegazione apparente.
Ne abbiamo discusso al lab meeting, c'è stato anche chi ha proposto di ricomprarlo, finché:

Pompelmo: "…ma a me funziona, io non ho problemi."
Capo: "Ma lo stesso anticorpo? A te funziona?"
Pompelmo: "Si si, proprio quello. A me va bene."
Capo: "Bhe, se a Pompelmo funziona allora non lo ricompriamo. Fatelo funzionare anche voialtri (il resto del lab…)."

Chiusa la discussione. Passano i giorni, passano le settimane. La gente continua a porcheggiare con l'anticorpo che non funziona e io e la moglie chiediamo a Pompelmo cosa faccia di particolare per farlo andare e…

Filippo: "Ma non usi niente di speciale? Un protocollo diverso? Altro?"
Pompelmo: "No no! Tutto normale. BSA, Triton X100, PBS, solite cose."
Filippo: "Ma poi si vede bene al microscopio?"
Pompelmo: "Si si, tutto bene!"
Moglie: "Noi abbiamo problemi con pancreas 10.5."
Pompelmo: "Ah bhe, quello non funziona neanche a me."
Moglie: "Ah no?? Ma come?"
Pompelmo: "Già, non mi funzionano il 10.5, 11.5, 12.5 e 13.5, in effetti non va molto bene questo anticorpo. Poi quando funziona non è bello uniforme su tutti i vetrini. A volte non è nemmeno chiaramente una colorazione nucleare. A volte non funziona proprio, tipo l'altro giorno che non ha colorato niente. Poi se ripenso a quest'estate quando ho perso 4 mesi perché non ha mai funzionato mi metterei le mani sui capelli."
Filippo e moglie: ……

Ecco, questo è quanto. Noi abbiamo lasciato perdere che tanto non vale la pena discuterne. Certo che uno che dice "si, a me funziona bene" e omette "una volta su venti" non è proprio il massimo dell'affidabilità…

tecnologia

Informatica che passione: e tre!

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Ho parlato in precedenza (qui e qui) del vicecapo NAT e di come sia impedita con i computer. Certo è comprensibile, i PC sono entrati nell'uso comune quando lei era già avanti con gli anni, quindi non gliene faccio una colpa. Però è anche vero che ormai i computer, se non a casa, sono nei laboratori da parecchio tempo.
Per un biologo sono strumento quotidiano per ricerche su internet, presentazioni, software specializzati, analisi di immagini e sequenze e molto altro che oggigiorno senza un computer sarebbe molto difficile se non impossibile da fare. Insomma, da almeno 10-12 anni la NAT usa i computer, eppure non ci si è ancora abituata.
Per questo episodi come questo sono all'ordine del giorno:

Gioacchino: "Avete visto il disco rigido esterno del laboratorio?"
Tutti: "No, bho, non so, che disco? Non si sa. Cos'è? Perché? Mai visto un disco!"

E il disco non si trova. Gioacchino per tutto il giorno è andato a chiedere a tutti dove fosse questo benedetto disco e addirittura alcuni "non hanno mai visto un disco di laboratorio". Niente, non se lo ricordano. Mai visto il disco che era pieno e per questo motivo il capo ha comprato un disco da 1.5Tb a testa. Mai sentito. Vabbè…
Comunque, il giorno dopo:

NAT: "Filippo, nella borsa del portatile vecchio del lab ho trovato questo. E' il disco che cercava Gioacchino?"
Io le ho gentilmente detto che "no, quello è l'alimentatore del portatile" e non ho saputo che altro dirle…

varie ed eventuali

La settimana scorsa.

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Per riassumere in breve ciò che è successo la settimana scorsa…

– Lunedì: si è rotto il computer del microscopio che avremmo dovuto usare per tutta la settimana. Saltiamo degli esperimenti.

– Martedì: raggiunti i 50 cm di neve, traffico intenso, qualche incidente in giro.

– Mercoledì: il capo insisteva, per l'ennesima volta, nel dire che abbiamo fatto un esperimento che non abbiamo mai fatto.

– Giovedì: Gioacchino ha dato il meglio con la sua merdavigliosa presentazione descritta qui.

– Venerdì: iniziato esperimento grosso della durata di 3 giorni (fino a Lunedì mattina).

– Venerdì sera: sono arrivati suocera e cognato a passare qualche giorno con noi in Svizzera fino a domani. L'unica nota positiva della settimana!

– Sabato: esperimento al mattino, nonostante avessimo parenti a casa.

– Domenica: gitarella al castello di Chillon. Le foto saranno online tra qualche giorno.

– Ieri: al mattino siamo venuti in laboratorio per discutere col capo di un paio di cose e per interrompere l'esperimento iniziato Venerdì. Ovviamente anche qui c'è stato un problema visto che il microscopio per il time-lapse si è bloccato per un errore sconosciuto e l'esperimento importante di tre giorni è andato a farsi benedire. Ci siamo presi un pomeriggio di ferie per fare un giro con i parenti.

– Oggi: lavoro fino ad ora, tra 15 minuti torniamo a casa e andiamo, probabilmente, a Montreux al mercatino di Natale.

– Domani: ritorno al lavoro full-time e ritorno a scrivere sul blog con una frequenza maggiore!


(clicca sull'immagine per ingrandire)

P.S.: piove da un paio di giorni e la neve si è quasi completamente sciolta.

vita di laboratorio

Abbiamo toccato il fondo e iniziato a scavare.

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Non bastava che con i 50cm di neve caduta mi tocca parcheggiare la macchina in derapata.
Non bastava che abbiamo talmente tanto da lavorare che non riesco neppure a scrivere un post.
Non bastava che, nonostante io e la moglie ci siamo organizzati da una vita lavoro ed esperimenti per i prossimi mesi, il capo ci dica "considerate che ci sono le feste, si ricomincia tardi a Gennaio con gli esperimenti".

No, non bastava tutto questo. Due ore fa c'è stato l'ultimo lab meeting di Gioacchino che a fine Dicembre se ne va e a Febbraio inizia a lavorare in un altro laboratorio. Dopo 4 anni di lavoro qui, un articolo in fase di stesura su una rivista grossa (vedremo…), altri 3 articoli da scrivere (a sentire lui), mi sarei aspettato una presentazione mastodontica, con tutti i dati e le novità.
Invece il signorino ha presentato sei slide (SEI), di cui una col titolo e l'ultima con i piani futuri tra cui "andare in vacanza in Portogallo e farsi operare al ginocchio".
Un'altra diapositiva è stata tipo "ho insegnato questo, questo e quest'altro alla studentessa".
Nel mezzo l'unica diapositiva con dei "risultati" aveva quattro foto (QUATTRO) di immunoistochimiche. Quattro foto. Dopo quattro anni di lavoro e un articolo grosso da pubblicare.

E Martinetto, povero Cristo, che non ha mai sentito parlare del suo progetto, ha fatto domande. E Gioacchino e il capo rispondevano cose diverse alle domande. E il capo non ha saputo spiegare le cose che sta scrivendo nell'articolo. La moglie ha dovuto correggerla e il capo, stordita, ha detto "si, è vero, è come dice Chiara".

E alla fine della breve presentazione il capo ha pure ringraziato Gioacchino.

Siamo usciti tutti disgustati, ma che si può fare, non ho neanche il tempo di lamentarmi troppo che domani ho Journal Club e devo presentare un articolo scritto da altri con (finora) 23 diapositive.
Fosse per Gioacchino ridurrebbe tutto ad una slide con il titolo e basta…

vita di laboratorio

Questione di opinioni…

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Com'è il famoso detto? "Il cane di due padroni muore di fame". Figuriamoci se i padroni sono più di due.
E questo è perfettamente applicabile alla P2 del nostro piano. Cos'è la P2? Non è la famosa loggia, bensì una stanza per rischio biologico di livello 2.
In parole povere lì dentro si potrebbe lavorare con batteri e/o virus in grado di infettare difficilmente l'uomo via aerosol: epatite A, B, C, influenza A, malattia di Lyme, salmonella, morbillo, rosolia, HIV.
In pratica nella nostra P2 si lavora quasi sempre solo con lentivirus prodotti in laboratorio (no, non fabbrichiamo armi biologiche e no, non progettiamo l'influenza che andrà di moda l'anno prossimo).

Ad ogni modo, la stanza P2 dovrebbe avere principalmente:
– muri, soffitti e pavimenti lisci e lavabili
– superfici lavabili e resistenti ad agenti chimici e disinfettanti
– sistemi di sicurezza (occhiali, lavaocchi, porte antincendio e chi più ne ha più ne metta)
– strumenti adeguati

La nostra stanza ha tutto questo. Tutto. Perfino il pavimento lavabile, solo che non c'è nessuno che lo lava.
Alla P2 si accede con tessera magnetica ed esclusivamente il personale autorizzato ha l'abilitazione per entrarci. Ovviamente gli addetti alle pulizie non hanno l'accesso quindi non possono (e non devono) entrare a pulire. Indi per cui le pulizie toccano agli utenti… che però sono troppi.
La stanza è condivisa tra quattro laboratori diversi e, come il cane con due padroni, non viene accudita.
Se mettiamo in conto che la maggior parte di questi "padroni" non vede lo sporco allora siamo a posto.

Circa sei mesi fa ho organizzato un calendario delle pulizie. Si tratta di lavare il pavimento e "controllare" che tutto sia a posto una volta al mese (non di più, purtroppo, perché altrimenti "è troppo impegnativo"). Quattro gruppi, a turno, vuol dire che ogni gruppo si deve occupare delle pulizie 3 volte all'anno, circa 45 minuti a volta, non mi pare molto.
Quando ho illustrato l'idea ai responsabili degli altri gruppi, alcuni mi hanno detto che "ci vuole troppo tempo", altri che "la stanza non è sporca" (dopo UN ANNO che non veniva pulita…), e altri ancora che "si si, faccio la settimana prossima" e hanno saltato il loro turno di pulizie.
Io non sono sufficientemente alto in grado per imporre delle regole, per cui se non se ne occupano i capi io me ne lavo le mani. Ovviamente io e la moglie non ci tiriamo indietro quando è il nostro turno di pulizie, ma se la stanza non viene pulita da due mesi potete capire come sia davvero difficile lavare e disinfettare.

Ma c'è una cosa che mi lascia veramente perplesso… quelli che dicono che "non è sporco per terra" hanno davvero una cosa del genere a casa loro?? (Di salviettine monouso così cariche di sporco ne abbiamo buttate 5-6 l'ultima volta…)


(Clicca sulla foto per ingrandire)